L’orologio molecolare si basa sull’ipotesi che le mutazioni dei geni e delle proteine avvengono con frequenze costanti nel tempo.

Questa ipotesi, se fosse corretta, permetterebbe di stabilire approssimativamente quando si è evoluta una determinata specie, anche in mancanza di prove fossili.

L’orologio molecolare si basa sulla teoria che i geni si evolvono tramite mutazioni casuali che si verificano con tassi di frequenza approssimativamente costanti nel tempo.

Se la mutazioni avvengono in modo costante per tutti i geni, diventa possibile stimare quando si è verificata la separazione tra due specie (speciazione), che discendono dallo stesso antenato comune, studiando il numero delle differenze presenti nei loro geni o nelle loro proteine.

Purtroppo questa teoria non si è rilevata sempre esatta.

Grazie alle moderne tecniche di biologia molecolare, come ad esempio la PCR, i ricercatori hanno potuto raccogliere parecchi dati sull’evoluzione molecolare delle specie.

Le nuove scoperte mostrano che non tutti i geni mutano con la stessa costanza, la velocità può cambiare a seconda della funzione del gene. Inoltre le differenti specie possono avere delle diverse frequenze di mutazione.

L’orologio molecolare può fornire risultati più attendibili se utilizzato per specie con caratteristiche affini e su intervalli di tempo non troppo lunghi.